Bien qu’adressées chacune à une seule personne, ces lettres ne sont pas simplement des lettres personnelles, car c’est leur qualité de collaborateurs de l’Apôtre qui a valu à Timothée et à Tite le privilège de recevoir ces missives. À côté d’allusions personnelles et d’éléments autobiographiques, elles contiennent des ordonnances ecclésiastiques et sont, pour cette raison, appelées « lettres pastorales ».

La plus pastorale est la Première lettre à Timothée. Elle définit les qualités que doit avoir « l’épiscope », responsable de la communauté, et celles que doivent avoir les diacres ; elle parle aussi des « presbytres » et du groupe ecclésial des veuves. Elle fait des remarques sur la toilette des femmes et donne des instructions aux esclaves chrétiens. Elle se préoccupe de la lutte contre les erreurs doctrinales et insiste beaucoup sur l’enseignement authentique et sur la piété. La Lettre à Tite prescrit à celui-ci d’établir des « presbytres » dans chaque ville de la Crète, où Paul l’a laissé, et définit elle aussi les qualités de « l’épiscope » ; elle donne des instructions au sujet des vieillards et des femmes âgées, des jeunes gens et des esclaves, ainsi que de tous les fidèles. La Deuxième lettre à Timothée est nettement différente. Elle ne parle ni d’épiscope, ni de presbytres, ni de diacres, ni de veuves. Elle définit les qualités du « serviteur du Seigneur », mais c’est pour inviter Timothée à s’y conformer. Elle a un ton beaucoup plus personnel ; prisonnier à Rome (2 Tm 1,8.17), l’Apôtre invite Timothée à souffrir avec lui pour l’Évangile. Abandonné de tous, lorsqu’il comparaît au tribunal (2 Tm 4,16), il a été revêtu de force par le Seigneur.

À côté d’instructions concrètes, ces lettres contiennent toutes de beaux rappels de la doctrine paulinienne ainsi que des expressions caractéristiques de Paul : « Le Christ Jésus est venu dans le monde pour sauver les pécheurs ; et moi, je suis le premier des pécheurs » (1 Tm 1,15) ; Dieu nous a sauvés « non pas à cause de nos propres actes, mais à cause de son projet à lui et de sa grâce » (2 Tm 1,9) ; l’Esprit Saint a été « répandu sur nous en abondance » (Tt 3,6). Mais le vocabulaire est souvent très différent de celui des grandes épîtres, ce qui fait penser que ces lettres ont été rédigées par un disciple de Paul à une époque où les communautés étaient menacées de l’intérieur par des déviations doctrinales. Les lettres pastorales invitent à combattre ces déviations et elles se préoccupent en même temps de renforcer la structure des communautés. L’Apôtre charge Timothée et Tite d’établir des pasteurs qui veilleront à l’orthodoxie de l’enseignement donné et au bon ordre des communautés. Celles-ci ne sont pas fermées sur elles-mêmes. La première consigne que l’Apôtre leur donne, c’est de faire « des demandes, des prières, des intercessions et des actions de grâce pour tous les hommes » (1 Tm 2,1), car Dieu « veut que tous les hommes soient sauvés et parviennent à la pleine connaissance de la vérité » (1 Tm 2,4).