Originaire de la région de Vologda en Russie, il se maria jeune et eut une petite fille. Cette vie de famille ne l'empêchait pas de consacrer à Dieu le plus clair de son temps. Devenu veuf, il confia sa fille à des parents proches pour rejoindre le monastère de Priloutk. Protégé par le tsar Ivan le Terrible et par le métropolite de Moscou, il sut garder sa pauvreté et son humilité. Devenu higoumène, il imposa à ses moines de ne vivre que de leur travail et de ne conserver que l'essentiel pour se nourrir, donnant tout le reste en aumônes.

Né en 1502 près de Tolède, ses parents étaient des juifs convertis. Il fut ordonné prêtre, après de brillantes études, à Alcala et il mit ses talents d'orateur et de théologien au service de l'Evangile. Il obtint ainsi de nombreuses conversions dont celles de saint Jean de Dieu et de saint François Borgia. Son extraordinaire clairvoyance théologique le fit suspecter par l'Inquisition espagnole qui l'emprisonna. Selon la parole du pape Paul VI "Il domina ces épreuves par une intense spiritualité."
Dès l'âge de quatorze ans, il se distingue par sa maturité intellectuelle. A Salamanque, ses études universitaires furent des plus brillantes, d'autant qu'il avait grande facilité à exprimer le sens exact de sa pensée. Il vivait une vie chrétienne profonde. Quand il perdit son père et sa mère, il se sentit libre de s'orienter vers le sacerdoce après avoir vendu la majeure partie de ses biens pour les plus pauvres. Ses prédications à Tolède attiraient les foules et, parmi ceux dont il marqua définitivement la vie, nous pouvons mentionner saint Jean de Dieu, saint François Borgia, sainte Thérèse d'Avila. Il insistait sur la nécessité de bien se connaître et de bien connaître Dieu. Il fut l'un des maîtres spirituels de son temps et ses lettres sont encore d'actualité. Accusé de rigorisme, il connut même, un temps, les rigueurs des prisons de l'Inquisition. Lorsque son innocence fut reconnue, il remercia les juges d'avoir voulu le perdre et ainsi de lui avoir fait partager un temps la vie du Divin crucifié.
Canonisé le 31 mai 1970 par Paul VI - homélie en italien.
Il faisait partie des Saints patrons des JMJ de Madrid.
"... je déclarerai prochainement saint Jean d’Avila, prêtre, Docteur de l’Église universelle..."
Benoît XVI - Messe avec les séminaristes, Madrid 20 août 2011.
Dimanche 7 octobre 2012 - Messe pour l'ouverture du Synode des Évêques et proclamation comme "Docteur de l'Église" de saint Jean D'Avila et sainte Hildegarde de Bingen.
"Ces deux grands témoins de la foi vécurent à des époques et dans des contextes culturels très différents. Hildegarde, une bénédictine vivant en plein Moyen Age allemand, fut un vrai maître de théologie versée dans les sciences naturelles et la musique. Prêtre de la Renaissance espagnole, Jean prit part au renouveau culturel et religieux d'une Eglise et d'une société parvenues au seuil des temps modernes". Leur sainteté de vie et la profondeur de leur doctrine disent leur actualité. La grâce de l'Esprit les projeta dans une expérience de plus profonde compréhension de la Révélation, et leur permit de dialoguer intelligemment avec le monde dans lequel l'Eglise agissait". Puis le Pape a indiqué que ces deux figures de saints docteurs revêtent de l'importance à la veille de l'Année de la foi et en vue de la nouvelle évangélisation, à laquelle est consacrée la prochaine assise synodale. "Aujourd'hui encore, dans leurs enseignements, l'Esprit du Ressuscité résonne et éclaire le chemin vers la Vérité qui rend libre et donne son plein sens à nos vies". (source: VISnews)
À Montilla en Andalousie, l’an 1569, saint Jean d’Avila, prêtre, qui parcourut toute la région en prêchant le Christ et, suspecté injustement d’hérésie, fut jeté en prison, où il écrivit la plus grande partie de sa doctrine spirituelle.