Il naquit à Mexico de parents espagnols et se fit franciscain à Puebla. Il n'avait pas, disait-il, cette vocation. Il quitta l'Ordre en 1589 et partit faire commerce aux Philippines. Mûri par l'existence, il revint à sa première vocation et rejoignit les frères mineurs à Manille. Envoyé au Mexique, il fit naufrage pendant la traversée et échoua au Japon. Là il fut arrêté et crucifié à Nagasaki le 5 février 1597 avec vingt autres martyrs canonisés en 1862, martyrs dont la mémoire sera célébrée le lendemain donc le 6 février.

Au temps où la Réforme s'étendait sur l'Europe, secouant fortement l'Occident chrétien, les familles catholiques confirmaient leur foi en l'Église romaine par un attachement résolu et déterminé. Pierre Kanijs est né à Nimègue aux Pays Bas dans l'une de ces familles. Les solides études qu'il fit à Cologne affermissent davantage encore ses convictions et lorsqu'il rencontre Pierre Favre, compagnon de saint Ignace de Loyola dès la première heure, il se décide à entrer dans la Compagnie de Jésus. Il passera désormais toute sa vie à lutter contre l'influence de Luther. Il prêche dans son pays, puis en Allemagne et en Suisse, partout où l'envoient ses supérieurs. Il traduit les Pères de l'Église trop oubliés à l'époque et auxquels Luther ne veut se référer à aucun prix. Il rédige un catéchisme qui connaîtra un succès fabuleux. Tout de suite les Pères du Concile de Trente font appel à ses compétences. S'il combat la Réforme, il est douceur et tendresse pour les réformateurs protestants. Conscient des faiblesses de l'Église catholique, il est convaincu que le renouvellement de l'Église, terme qu'il préfère à réforme, doit passer par la lutte contre l'ignorance du clergé et des fidèles. A l'époque où l'imprimerie n'engendre que la méfiance, puisqu'elle fut l'un des instruments de la contestation, il en use abondamment: "Le progrès doit être mis au service de Dieu." Il rendra son dernier souffle à Dieu, en Suisse, à Fribourg. Il a été proclamé "Docteur de l'Église."
Le 9 février 2011, Benoît XVI a consacré sa catéchèse à saint Pierre Canisius (1521 - 1597), proclamé par Léon XIII Second Apôtre de l'Allemagne, canonisé en 1925 par Pie XI et proclamé Docteur de l'Église. Saint Pierre Kanis, Canisius, forme latinisée de son nom de famille, figure très importante du XVIe siècle catholique (site du Vatican)
Après avoir tracé sa biographie, le Saint-Père a dit qu'une "des caractéristiques de saint Pierre Canisius fut sa capacité à présenter de manière harmonieuse la fidélité aux principes dogmatiques et le respect de toute personne... A une époque de forts contrastes religieux, il évita la dureté de propos et la rhétorique de la violence, chose alors rare entre chrétiens, dans la présentation des racines chrétiennes et du renouveau de la foi en l'Église". Ses écrits de formation spirituelle du peuple "insistent sur l'importance de la liturgie..., sur la messe et les sacrements. Mais il se préoccupait aussi de prouver l'importance de la beauté et de la prière personnelle quotidienne, allant de pair avec le culte et la prière publique de l'Église... La valeur de ses méthodes et recommandations demeure intacte, notamment avec leur reproposition par le concile Vatican II". Pierre Canisius, a conclu Benoît XVI, "a clairement enseigné que le ministère apostolique ne porte des fruits que si le prédicateur est un témoin réel de Jésus, sachant être son instrument dans l'union à l'Évangile et à l'Église, vivant de manière moralement cohérente, dans la prière et l'amour". (source: VIS 20110209 490)
Mémoire de saint Pierre Canisius, prêtre et docteur de l’Église. Originaire de Nimègue, il entra dans la toute nouvelle Compagnie de Jésus sous influence du bienheureux Pierre Favre. Envoyé en Allemagne, il travailla avec énergie pendant de longues années à défendre la foi catholique et à l’affermir par ses prédications et ses écrits, parmi lesquels son grand et son petit Catéchismes eurent une importance considérable. Il se repose enfin de ses travaux à Fribourg en Suisse en 1597. (En Suisse, sa mémoire est reportée au 27 avril).

Frère chartreux de Londres, il fut emprisonné avec six autres membres de la communauté et mourut de faim sous Henri VIII à Newgate pour avoir refusé la dissolution des monastères.
À Londres, en 1597, le bienheureux Robert Salt, martyr. Moine de la Chartreuse de la ville, au temps du roi Henri VIII, à cause de sa fidélité à l’Église romaine, il fut envoyé en prison à Newgate, où il mourut de faim.